傳統漢學（Sinology）以專精見長，往往集中於學院同行的專業對話，而許倬雲教授青壯時代吸納社會科學方法融入史學研究，晚年著力於通史論述，他的學術從史實中求史識，從過去迴向現代與未來，可謂亦古亦今之學。他證明漢學並不局限在學院象牙塔內，可以走入社會，由此為漢學開啟一個能與人文社會科學各領域對話的路徑，對漢學產生根本性的影響。
獨到史識拓展中國史研究方向
許倬雲教授專研周秦漢的個別專題，具有獨到見解，達到「史識」的層次，構成融會貫通的大歷史解釋。此一學術風格，舉其大端，當數《西周史》親緣團體的華夏意識，《求古編》連繫中央／地方、政治／社會二元的文官制度，《漢代農業》相輔相成的精耕細作／市場經濟等，形成他所謂的中國文化三原色（參《中國古代文化的特質》），也可說是中國文化基因。
以「西周」為斷限獨立著史，古今著作當以其《西周史》（1984）為最早，後之繼者乃陸續有人，西周史遂成為中國古史的新課題。隨著考古材料不斷發表，此書不斷增訂，直到2020年仍有增訂新版，距其初版已經36年。這一小例足以顯示許教授「與時俱進」的學風。《西周史》最獨到的史識是在當時的「中國」範圍內提出「華夏國家的形成」，範圍之外則提出「文化圈的擴大」；前者構成他後來的大歷史解釋，而有《華夏論述》（2015）之作，點出中國歷史發展的包容性與獨特性，也投射他對當今中國走向的關懷。
《求古編》（1982）是許教授早、中年論文集成，主要涉及周秦漢政治、社會、經濟和文化各方面的專題研究，他提出「統治機構與治術」、「政權與社會勢力的交互作用」以及「精耕農作與市場經濟」等命題，不限於戰國秦漢，實可推及整個傳統時期的中國歷史。
通常認為中國幾千年來以農立國，但相對於戰國至漢初工商貿易之發展，這不一定是中國歷史的必然特質，《漢代農業》即是解答此一關鍵轉折的由來。許教授農業史研究設定在中國帝制始初的漢代，具有探討長期歷史基本要素的意義。本書在作物種類、工具技術、耕作方法、和農民生計各方面都有相當全面的描述和深入的分析。作為國家社會經濟基礎的農業，還牽涉關係政權存亡的重要因素，諸如人民的土地分配、皇權對社會勢力的控制、重本（農）抑末（商）的意識形態和政府的財經政策。放在中國帝制兩千年的歷史長河中，許教授「漢代農業」的研究顯然遠遠超出「漢代」與「農業」，可作為了解中國歷史的核心課題。
網絡理論建構中國歷史脈動
許教授認為：經濟體系由交換資源而來，資源交換要靠道路體系，具有形體的道路不但使物質流通，也帶來社會的接觸、文化思想的移植。以中國之成為廣土眾民的帝國，軍政統治要靠道路，意識形態傳播也要靠道路，所以經濟、社會、政治以及思想都脫離不了道路體系，像一棵樹，從主榦到分枝，反過來也從分枝回饋主榦。這四條分枝非個別存在，而是互有關連，構成一個複合體──這就是許教授的「網絡理論」。親緣關係的社會、精耕／市場的經濟、文官制度的政治，和儒家思想的意識形態，四者通貫中國兩千年的歷史，結合而成的網絡當可建構中國歷史脈動。
網絡理論既可免於瑣碎問題的考證，也不陷於空疏的大理論，為大歷史的解釋提供一個可以實踐的架構。這是他的創見，其方法學的貢獻比六〇年代社會科學方法之引介更為精進。
宏觀世界文明的中國通史
許教授一系列的通史著作，把中國納入世界文明序列，宏觀中國歷史文化發展的特色。《萬古江河》（2006）發揮《西周史》「文化圈擴大」的觀點，將中國文化圈當作不斷擴張的過程，從中原的中國擴大為中國的中國、東亞的中國、亞洲的中國，以至世界體系的中國。採擷新舊史料，參酌前輩時賢研究而提出自己的斷代和認知，建構成一部自成體系的中國通史，強調中國文化擴大之餘，也不斷受域外文化影響，於是形成不同世代的歷史內涵與面貌。本書尤其專注於中外文化交流，實為同類著作所罕見。
《史海巡航：歷史問學週記》（2007、2008）則從古代世界、近古世界、近代世界和現代世界看中國。他重視中西歷史的比較，從世界史脈絡看中國歷史，遂有獨特的觀照和發現。
作育英才帶領史學走向社會
除史學知識和概念的創發之外，許倬雲教授的另一成就是引領史學研究的風潮，對臺灣史學的影響長達三十年。八〇年代以後，他的學生紛紛茁壯，成為史學界的中堅菁英，在史學結合社會科學的大道上馳騁。直到九〇年代，中國改革開放逐漸成熟，他的史學觀點也藉著講學與出版而廣泛傳佈，產生重大影響。
許教授根據專業研究所得的知識、概念和識見分析古往今來制度的得失、評論歷史人物作為的是非，把歷史研究成果當作人文素養的資源，出版許多通識著作，譬如從歷史看時代轉移、看管理、看組織等等；或如大國霸業的興廢、知識與民主、世運與學術，諸如此類，不一而足。現代專業史學家這麼努力證明歷史知識之用者，實不多見，顯見他是兼具有西方學院派學者和中國傳統士大夫特質的博雅通儒。
